甲肝疫苗不是百分百的无副作用，它的副作用主要有以下几个方面。
人体对甲肝疫苗的耐受良好，大多数人接种后没有任何甲肝疫苗不良反应。少数人可在接种部位发生轻度的红肿或轻微疼痛，上述甲肝疫苗不良反应一般在24—72小时消退，属于正常的甲肝疫苗不良反应。 极少数人可出现乏力、发热、厌食、腹泻、恶心、呕吐过敏性皮疹等症状，这种甲肝疫苗不良反应，通常也是短暂的，大多在24小时内可自行缓解。
一般说来，发生轻度的不良反应，不必进行特殊处理，均可自愈，局部反应较重时，可在72小时以后局部热敷，每日数次，每次10—15分钟。对较重的甲肝疫苗不良反应，必要时可采取对症治疗。初次进行预防接种者，注射后应现场留观半小时，防止发生速发性过敏反应，回家后72 小时之内如有异常反应或迟发性过敏反应，应尽快到医院诊治，以免贻误抢救时机。
